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Mazarrón está habitada desde el Paleolítico. Hay muchas cuevas: la Cueva de la Permera, la Cueva de Los Tollos. Una estructura importante de este período es el Castillo de Veles, que ahora es visitado y explorado por los turistas. Tras la conquista musulmana de gran parte de la Península Ibérica en el año 711, la ciudad pasó a formar parte del país de Al-Andalus bajo un gobierno musulmán. Por ello, gran parte de la arquitectura y la cultura árabe oriental ha permanecido en la ciudad.
